Biaya pendidikan merupakan biaya yang dikenakan kepada mahasiswa untuk penyelenggaraan dan pembinaan pendidikan serta layanan administrasi akademik selama menjadi mahasiswa di perguruan tinggi.

Rincian biaya pendidikan pada Universitas Tomakaka berdasarkan Fakultas adalah sebagai berikut:
BPP (Biaya Pendidikan Pokok)

Fakultas BPP SPP Matrikulasi Lab.
Fakultas Ilmu Komputer Rp.1.200.000Rp.750.000 Rp.800.000 Rp.300.000
Fakultas TeknikRp.1.200.000Rp.750.000 Rp.800.000
Fakultas PertanianRp.1.000.000Rp.750.000 Rp.800.000
Fakultas HukumRp.1.000.000Rp.750.000 Rp.800.000
Fakultas Ilmu Sosial dan ilmu PolitikRp.1.000.000Rp.750.000 Rp.800.000
Fakultas Keguruan dan Ilmu PendidikanRp.1.000.000Rp.750.000Rp.800.000
Fakultas Syariah dan Ekonomi IslamRp.500.000Rp.750.000 Rp.800.000

NB: Total Biaya Pendidikan Semester 2 dan seterusnya sesuai dengan biaya Biaya Pendidikan Pokok (BPP) masing-masing Fakultas

BPP (Biaya Pendidikan Pokok) Biaya pendidikan adalah kewajiban keuangan yang harus dipenuhi dan dibayarkan oleh mahasiswa untuk dapat mengikuti kegiatan di Fakultas ilmu Komputer Universitas Tomakaka yang dibayarkan setiap semester.

SPP (Sumbangan Pembinaan Pendidikan) adalah Sumbangan berupa dana untuk pembinaan pendidikan yang berada dalam suatu instansi pendidikan di sekolah yang dibayarkan satu kali selama menjadi mahasiswa.